傳說中，太陽系的每一顆星星都有一只守護星龍，它們生活在星龍圣域。但太陽系的黑洞無處不在，五百年復(fù)活一次的妖獸王，它的出現(xiàn)就像巨大的黑洞一樣，籠罩整個星龍圣域，吞噬陽光，汲取所有星龍的星象力量，一心想要統(tǒng)治整個太陽系，它就是——羅剎.暗無。為了擊敗羅剎.暗無妖獸王，有一個為培養(yǎng)斗龍戰(zhàn)士而存在的古老族派，叫“龍武族”。龍武族分別由六大星門組建，分別是代表火象的星火羅門、代表水象的寒山星門、代表金象的孤斗星門、代表光象的月空星流門，還有代表木象的莫林天門和代表土象的皇沙星門。龍武的族人族非常神秘，一直隱蔽生活在六越山，但從來沒有人知道他們因何存在，因何隱蔽……時光如梭，羅剎.暗無又要復(fù)活了，龍武族被選中的六位族子聚集在一起，背負(fù)起從出生就帶有的使命。

想要統(tǒng)治整個太陽系的羅剎.暗無妖獸王即將復(fù)活，他手下的五名羅剎大將已經(jīng)把星龍圣域搞得妖氣彌漫，為了阻止這一切而存在的龍武族開始了行動。隱居在六越山的龍武族六大星門族子將舉行儀式，通過儀式得到戰(zhàn)龍召喚器的洛小熠等人將前往獸幻山獲取寶貝龍，在進入獸幻山之前霸道沖動的東方末鑄成了大錯。沒有帶海螺波音的洛小熠和凱風(fēng)非常危險，而個性十足的寶貝龍也不愿輕易成為他們的拍檔，作為獸幻山守護龍的疾風(fēng)翼龍是兩人現(xiàn)在面臨的最大阻礙。贏得巴洛斯信任的凱風(fēng)打敗了疾風(fēng)翼龍，受傷的小熠并不順利，趕來的百諾緩解了小熠的危機，但小熠卻并不想要退縮，他要向烈古拉證明自己的能力，最終獲取了烈古拉的信任，成為了戰(zhàn)斗拍檔。

六大星門族子們?nèi)康烬R，在擺脫了疾風(fēng)翼龍群攻后的他們凱旋而歸 ，但長老們已經(jīng)來不及聽他們在獸幻山的見聞，稍事休息后，便要前往星龍圣域。六星連為一線時長老們會召喚六越山的大門，而此時小熠等人要借助寶貝龍的力量打開大門，被選中的孩子們面臨的將會是艱辛的道路，長老們嚴(yán)肅的表情中蘊含了太多的無奈。在小熠等人打開星門陣時羅剎的黑星陣乍現(xiàn)，小熠被引獄電流牽引至斷崖山堡，而那里是羅剎大將沙杰的地盤。雖然大長老的昆蟲術(shù)將小熠等人帶離了斷崖山堡，但被分散的眾人卻遇到了不同的危機，通過重重危險拿到了各自的武器——斗龍手刀。

來到斷崖山堡的各位斗龍戰(zhàn)士遇到了五大羅剎大將之一的沙杰，沙杰和他們以為遇到的對手都不同，小熠等人的合力攻擊也不能傷他分毫，在他們面臨危險時，元鋒獸龍出現(xiàn)了。為了打敗沙杰，東方末、天畫和子耀留下來拖住沙杰，而小熠、百諾和凱風(fēng)潛入沙堡地牢想要救出元鋒獸龍的朋友擎海飛龍和晶甲龍，不管地牢內(nèi)外斗龍戰(zhàn)士們必須面對殘酷的戰(zhàn)斗。沙堡地牢外東方末與元鋒獸龍還在與沙杰苦戰(zhàn)，想要與沙杰同歸于盡的元鋒獸龍犧牲了自己的性命，憤怒的東方末沖向了沙杰?？词氐乩蔚纳逞埵菗踉谛§诘热嗣媲白畲蟮淖璧K，為了救出擎海飛龍和晶甲龍的凱風(fēng)拿到了炎沙龍手中的鑰匙，不顧炎沙龍的逼迫凱風(fēng)死守鑰匙，眼看自己的兄弟遭受這樣待遇的洛小熠爆發(fā)出新的力量，烈古拉進化成機甲獸龍，打敗了炎沙龍。斗龍戰(zhàn)士們來到了元鋒獸龍口中的御星園，在磁力虎龍口中東方末等人知道了元鋒獸龍和霍金斯長老的淵源，在遇到元鋒獸龍后東方末也得到了改變。

小熠等人的寶貝龍全部都升級為機甲獸龍，但他們的合擊依舊不敵獸星佐和獸星佑，在苦戰(zhàn)中小熠陷入了絕境，替他擋下合力攻擊的是后面趕來的凱風(fēng)。凱風(fēng)的系命白珠已經(jīng)失去了光澤，小熠平息了被憤怒沖昏的頭腦后和同伴們應(yīng)敵，在他準(zhǔn)備給獸星佐和獸星佑最后一擊時神秘的沙曼出現(xiàn)了，她不光救走了獸星佐和獸星佑還一起帶走了生死不明的凱風(fēng)。凱風(fēng)的離去讓各大長老們接回斗龍戰(zhàn)士，他們不忍心以維護世界和平的名義犧牲孩子們的生命，在星門陣打開時小熠卻決定留下來，他決定前往惡龍碟堡救回凱風(fēng)。

五位斗龍戰(zhàn)士都被神秘的黑衣人引到了惡魔碟堡，而等待著的黑衣人則為他們準(zhǔn)備了五個強大的對手。雖然被分散開來，但小熠等人都朝著惡龍碟堡的高塔迸發(fā)，他們的目的都是為了救出自己的伙伴凱風(fēng)。進入惡魔碟堡的斗龍戰(zhàn)士們都遇到了各自的敵人，最終都進化為圣龍戰(zhàn)神，打敗了各自的敵人。一番惡戰(zhàn)之后眾人來到碟堡高塔前，而小熠早與黑衣人和沙曼起了沖突。大家來這里的目的只有一個，就是找回自己的同伴凱風(fēng)，而躺在小熠懷里的凱風(fēng)卻只是沙曼的幻術(shù)，幕后策劃這一切的黑衣人摘下面具，但他的真面目卻讓小熠等人無法接受。小熠等人千辛萬苦尋找的凱風(fēng)竟一見面便對他們刀劍相向，星魁利用凱風(fēng)唯一的陰暗面支配了他的心靈，圣龍升級后巴洛斯泛著邪光。小熠不忍對自己的好兄弟下手，其他斗龍戰(zhàn)士們的合力進攻竟也沒有占到優(yōu)勢，圣龍升級的巴洛斯不光摻雜了羅剎的黑暗力量，他和凱風(fēng)等人所經(jīng)歷的事情也讓小熠等人萬萬沒有想到。一陣溫暖的光后小熠等人來到了龍武族的古遺跡城，突然出現(xiàn)的現(xiàn)象讓凱風(fēng)氣急敗壞，而這一切都是六星戰(zhàn)龍所為。

怒天霸親自出馬讓斗龍戰(zhàn)士們感受到了從未有過的壓力，與以為的所有對手不同，怒天霸不是現(xiàn)在的他們可以應(yīng)對的敵人，即便全部斗龍升級的烈古拉等人也不能阻擋他的攻擊。陷入絕境的眾人決定將自己的力量輸送給圣龍戰(zhàn)神，當(dāng)他們的力量合一時圣龍戰(zhàn)神合體為終極龍神，突然解體的他們再次陷入了危機，這時古遺跡城的大門終于開啟。小熠等人跟隨六星守護龍來到守星城，這是他們將要參加斗龍試煉的地方，完成試煉的他們才能獲得終極龍神的力量。恢復(fù)理智的凱風(fēng)好像有什么事情瞞著大家，但他并沒有勇氣說出，這一切都是因為被雙眼蒙蔽了的元海長老。稍事休息后斗龍戰(zhàn)士們都迫不及待的來到了手星城前，來到各自星域的他們面對著強大的對手，最終獲得了變形戰(zhàn)車。

完成試煉的眾人都聚集在第七星域，為了阻止即將復(fù)活的羅剎.暗無，斗龍戰(zhàn)士們必須得到六大神龍兵器，這六大神龍兵器可以組成為帝龍圣劍，這是終極龍神的終極力量。懼怕這股力量的妖獸王將六件兵器，分別封印在了萬獸島的六座山上，為了阻止羅剎.暗無復(fù)活的斗龍戰(zhàn)士們將要前往萬獸島，通過重重艱難，得到了六大神龍兵器。羅剎.暗無借由邪神魁霸的身體重生，不愿放棄希望的斗龍戰(zhàn)士們爆發(fā)出了正義的力量，而這一切并沒有結(jié)束。

本以為消滅了羅剎.暗無的斗龍戰(zhàn)士們回到了龍武族，而在那里等著他們的長老卻對他們刀劍相向，而困在儀式龍內(nèi)的烈古拉等人被羅剎力量召喚到了荒之境地。被斗龍戰(zhàn)士們打敗的只是羅剎.暗無的一部分力量，現(xiàn)在的黑暗力量已經(jīng)復(fù)活，沙曼等人的趕到緩解了小熠等人的危機，而六星守護龍的出現(xiàn)也將烈古拉等人帶到了古戰(zhàn)士的身邊。烈古拉等人經(jīng)歷了很多，與搭檔匯合，他們最后的敵人便是羅剎.暗無。

來到羅剎.意識里的小熠等人看到的是一片霧霾，四周漂浮的是黯淡無光的星光種子，而無形無體的羅剎.暗無正是漆黑天幕上的那雙邪惡的眼睛。終極龍神面對的第一個敵人便是邪神魁霸，在戰(zhàn)斗中唯一可以消滅羅剎.暗無的帝龍圣劍也已經(jīng)被斬斷，勇敢的力量讓終極龍神散發(fā)出金色的光芒，而這也是羅剎.暗無想要得到的力量，最終斗龍戰(zhàn)士們打敗了羅剎.暗無，過上了短暫的幸福生活，但在這黑暗之中，那雙邪惡的眼睛在一直看著他們。

遠古魔龍星印羅盤降臨到龍武族六越山，羅盤的主人天魁即將復(fù)活禍害人類及星龍兩界。神秘的寶貝龍阿迪來到人類世界與斗龍戰(zhàn)士小熠、百諾相遇。因為寶貝龍阿迪身上蘊藏著星印羅盤的暗黑力量是復(fù)活天魁的關(guān)鍵，所以遭到天魁的爪牙灰骨龍和狐尾戰(zhàn)龍的追捕。不知道其中原因的斗龍戰(zhàn)士為了阻止天魁的復(fù)活，就帶著寶貝龍阿迪一起來到復(fù)活的地點暗黑古城 ，不料中了天魁的軌跡。小熠在途中也不幸被天魁的攻擊傷到，失去了性命。天魁不僅把阿迪身上的暗黑力量吸收回去，成為強大的惡魔天魁 ，還把阿迪打入了萬劫不復(fù)的“暗黑深淵”。但萬沒有想到膽小懦弱的阿迪在“暗黑深淵”振作起來，把體內(nèi)沉睡的星達拉力量喚醒了，沖出了“黑暗深淵”，再次與天魁展開了一場生死大戰(zhàn)，最終打敗了天魁。星達拉用力量復(fù)活了小熠，阿迪與百諾和小熠分離了。

在22世紀(jì)的人類世界，一只身份來歷不明的火恐龍橫空降落在洛小熠等六名斗龍戰(zhàn)士說話的城市，相繼吸引了阿迪和六星守護龍來到人類世界，為了追蹤火恐龍真相，阿迪與斗龍戰(zhàn)士被光圈吸到另一個空間——阿萊達星獸基地。斗龍戰(zhàn)士在阿萊達得知火恐龍出現(xiàn)在人類世界的原因，為了阻止這些給人類世界帶來危險的恐龍，斗龍戰(zhàn)士肩負(fù)起維護正義和平使命，決定找回龍印。斗龍戰(zhàn)士帶著阿萊達發(fā)明的戰(zhàn)斗拍檔——寶貝龍開啟維護和平及找回龍印的旅程！

六名斗龍戰(zhàn)士將各自的拍檔烈古拉等六只寶貝龍送回獸幻山后，卻發(fā)現(xiàn)了人類世界出現(xiàn)了恐龍。受黑暗力量召喚的阿迪來到了人類世界，在與恐龍對峙時，天空卻突然出現(xiàn)巨大不明漩渦洞，將阿迪及六名斗龍戰(zhàn)士一起吸走了。阿迪和六名斗龍戰(zhàn)士被漩渦吸進了神秘的阿萊達星獸基地，在這里，六名斗龍戰(zhàn)士從太古教授口中得知了人類世界出現(xiàn)恐龍的原因——千帆偷走了六管能發(fā)明不同類型的恐龍龍印，計劃創(chuàng)造全新的恐龍世界。受太古教授所托，斗龍戰(zhàn)士肩負(fù)起找回龍印的任務(wù)，維護人類世界安全。六名斗龍戰(zhàn)士與六大寶貝龍，分別是火象的雷古曼、水象的加比納、金象的卡維利、光象的索里、木象的森美拉和土象的吉亞多成功通過了太古教授安排的考驗，正式成為了全新的拍檔，一起回到人類世界開始全新的戰(zhàn)斗任務(wù)。

斗龍戰(zhàn)士們又先后與來自古裂山的哈巴龍、敵敵龍、陰影龍、水怪龍、旋風(fēng)龍、黑靈龍成為了好朋友。在途中十二星龍在“阿萊達”升級完畢，獲準(zhǔn)抵達人類世界進行演習(xí)，但是初次來到人類世界的它們沒法適應(yīng)人類世界的環(huán)境，一時之間丑態(tài)百出，鬧出了不少笑話。千帆抵達古烈山發(fā)明六大恐龍時，發(fā)現(xiàn)溜走到人類世界的古裂山小恐龍并沒有回來，于是派出暴烈駭龍去到人類世界找回小惡龍們，小惡龍們的生命因此受到了威脅。斗龍戰(zhàn)士在小惡龍們的口中得知，千帆很可能在古烈山。于是，在小惡龍們的帶領(lǐng)下，狄古、阿迪、六名斗龍戰(zhàn)士連同拍檔一起穿越時空來到古烈山。但是，抵達古裂山后，小惡龍卻和斗龍戰(zhàn)士失去了聯(lián)系。眾人為了尋找小惡龍，進入了龍印基地。六名斗龍戰(zhàn)士卻因為捉摸了不同的暴龍龍印被分別傳送至古烈山六大陣地。六位斗龍戰(zhàn)士被傳送到六大陣地后，狄古通過斗龍手環(huán)向太古教授發(fā)出求助申請。于是，太古教授派出十二星龍前往古烈山，但是面對錯綜復(fù)雜的古裂山，十二星龍在沒有指引的情況下迷了路，狄古不得不和阿迪親自尋找斗龍戰(zhàn)士。斗龍戰(zhàn)士們分別在龍鱗谷、潛龍深潭、巨龍?zhí)鞝I、巨龍?zhí)斐?、空墓龍穴、魔金龍塔見到了小惡龍們，卻被誤會是他們熄滅了六大星象古龍圖案，在戰(zhàn)斗中進化為鎧甲獸龍，獲得了小惡龍們的信任。六名斗龍戰(zhàn)士收到狄古的通知，得知逃出六大陣地的辦法就是找到不同屬性的古龍徽章，恢復(fù)古龍圖案。在斗龍戰(zhàn)士們尋找六種不同屬性的古龍徽章時六大暴龍出現(xiàn)阻止，在戰(zhàn)斗中六大寶貝龍碰到古龍徽章，利用六大暴龍的力量再次進化，擊碎了古龍徽章，打敗了六大暴龍，恢復(fù)了古龍圖案，幫助小恐龍們守護住了它們的家園。千帆也因此逃離了古裂山，眾人在小恐龍的護送下，重新返回人類世界繼續(xù)尋找千帆。

千帆返回人類世界，利用龍印復(fù)制出了和斗龍戰(zhàn)士一模一樣的六大寶貝龍。面對真假難辨的拍檔，讓斗龍戰(zhàn)士傷透了腦筋。六名斗龍戰(zhàn)士在太古教授的指導(dǎo)下，通過喚醒與寶貝龍之間獨一無二的記憶，成功擊破了復(fù)制的假的拍檔，找回真正的拍檔。六名斗龍戰(zhàn)士和狄古欲要尋找千帆算賬時，一批積木形態(tài)的變形恐龍主動向斗龍戰(zhàn)士發(fā)起了挑釁，一場全新的未知的戰(zhàn)斗擺在了斗龍戰(zhàn)士的眼前。六大寶貝龍與變形恐龍在戰(zhàn)斗中再次進化變形，擊敗了變形恐龍。六名斗龍戰(zhàn)士和戰(zhàn)斗拍檔將變形恐龍擊退后，收到狄古的通知前往郊外一個大型廢置工業(yè)區(qū)尋找千帆的蹤影。然而斗龍戰(zhàn)士的拍檔卻神秘地消失在一個巨大的圓盤上，而這個圓盤竟是通往千帆創(chuàng)造的虛擬的恐龍世界“異龍域”的龍印之門。六名斗龍戰(zhàn)士第一次與拍檔分隔在兩個時空，失去聯(lián)系。幸而，斗龍戰(zhàn)士獲得太古教授的指示，發(fā)現(xiàn)在六大冒險境地獲得的項鏈竟是龍印之匙，只要啟動龍印之匙，便可以和戰(zhàn)斗拍檔隔空聯(lián)系。得知六大變形恐龍進入異龍域，斗龍戰(zhàn)士緊急與一同來到廢置工業(yè)區(qū)的水瓶星龍、雙魚星龍、巨蟹星龍、白羊星龍、金牛星龍、摩羯星龍商討集齊十二星龍，進入異龍域，救出雷古曼它們。六大寶貝龍被六大積木恐龍的影術(shù)擊中后，幫助它們攻擊十二星龍，但在十二星龍的幫助下，恢復(fù)了理智。雷古曼、加比納、卡維利、森美拉、索里、吉亞多獲得十二星龍的武器，分別為霹靂雙劍、海神之弓、玲瓏雙盾、伏擊巨錘、追影雙刃斧和炫金鉆頭六大武器，利用這六大武器，它們成功擊碎了巨石鐘，逃出了異龍域。

異龍域破解后，心有不甘的千帆利用匹匹龍分散了斗龍戰(zhàn)士的注意力，自己去郊外工業(yè)區(qū)的閣樓帶走龍印之門，同時利用龍印復(fù)活了在古裂山制造的六大暴龍，并且將六大暴龍帶回了阿萊達。為了保護阿萊達，斗龍戰(zhàn)士、狄古、阿迪通過六星門回到阿萊達。此時，六大暴龍不但有了武器，千帆更是利用發(fā)明六大寶貝龍時的強力磁波增強了六大暴龍的力量。導(dǎo)致六大寶貝龍一發(fā)起攻擊，就立即反被吸取。阿萊達因此面臨一場前所未有的危機。為了雷古曼它們的力量被六大暴龍吸光而永久退化，太古教授緊急啟動了星象輪，引起了一股強大的磁力，導(dǎo)致了六名斗龍戰(zhàn)士、六大寶貝龍、六大暴龍、阿迪、匹匹龍以及機器獸龍同時被吸進了冒險境地。六大寶貝龍在古裂山小恐龍們的幫助下成功進化為圣斗神龍亞烈和圣斗神龍帝古奧，最終擊敗了六大暴龍。

千帆通過六大暴龍的龍印混合，結(jié)合自己的肉體，終于成功研發(fā)了一只混合了人類DNA的暴龍——千敵暗龍，并同時將分布在冒險境地的六大暴龍召回了阿萊達。千敵暗龍誕生，要挾了狄古作為人質(zhì)，并且打傷了阿迪，是阿萊達陷入一片腥風(fēng)血雨之中。斗龍戰(zhàn)士帶著亞烈與帝古奧與千敵暗龍展開了一場激烈戰(zhàn)斗。千敵暗龍敵不過亞烈和帝古奧，通過吸收六大暴龍的力量，進化成終極千敵暗龍，同時獲得了惡靈長劍和邪魂巨炮，使得亞烈和帝古奧都不是它的對手，阿萊達因此面臨一場前所未有的危機。千敵暗龍吸收六大暴龍的力量幾乎所向披靡，十二星龍決定獻出自己的力量給六大鎧甲獸龍，使它們再次進化合體成亞烈和帝古奧，并獲得天御龍刃和圣羅龍盾，與千敵暗龍決一死戰(zhàn)。在戰(zhàn)斗的最后時刻，昏迷的匹匹龍忽然清醒過來，體內(nèi)儲存了和千帆的美好回憶喚醒了千敵暗龍體內(nèi)的千帆的記憶，使千帆恢復(fù)了人性。

六名斗龍戰(zhàn)士完成了尋找龍印的任務(wù)，將斗龍手環(huán)和龍印之匙交給了各自的戰(zhàn)斗拍檔，帶著對阿萊達和斗龍拍檔的依依不舍之情，乘坐垂直時空列車離開了阿萊達，返回人類世界，開啟全新的斗龍旅程。

相傳在恐龍消失之后，宇宙空間中遺留了八大恐龍空間，龍源紀(jì)是繼斗龍世界、星龍圣域以及古裂山之后，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)的第四大恐龍空間，也就是恐龍起源地之一。然而幾百年前龍源紀(jì)迎來一場浩劫，一道不為人知的指令藏在龍脈神峰，黑暗力量就此蔓延。人類的世界驚現(xiàn)原始恐龍，阿萊達星獸基地被恐龍兇獸龍始祖入侵?？铸垉传F龍始祖入侵的原因和龍源紀(jì)的一道鎮(zhèn)守密令，“龍的密令”遺失有關(guān)，只有拿到龍的密令才能恢復(fù)力量。阿迪、匹匹龍、卡維利、森美拉作為人質(zhì)被劫持到龍源紀(jì)，關(guān)在龍?zhí)柦菎u。情況危急，凱風(fēng)等人向太古教授求助，但太古教授也不知龍的密令是什么，大家只得求助斗龍戰(zhàn)士?？ňS利、森美拉被帶到龍?zhí)柦菎u上、藍天畫和東方末先行趕去營救，對于東方末不顧團隊行為，洛小熠十分不滿。隨后，擔(dān)任隊長和伙伴們也啟程前往龍源紀(jì)。小熠、凱風(fēng)、百諾、子耀、狄古穿越時空，召喚升級后的寶貝龍，展開龍源紀(jì)冒險之旅。

斗龍戰(zhàn)士們面對的敵人是黑化東方末和黑化藍天畫，聯(lián)手六頭怪龍對付小熠等人，卡維利和森美拉也被修改為暗屬性成了反派。而另一邊，阿迪和匹匹龍撒謊逃出魔掌，遭遇這里的恐龍。大家都不相信東方末和藍天畫要造反，東方末則稱自己要重組斗龍團隊，代替小熠的隊長之位。東方末和藍天畫與斗龍戰(zhàn)士徹底決裂。兇獸龍劫持東方末和藍天畫，以及卡維利和森美拉，把他們直接丟在島上。兇獸龍要東方末等人找回龍的密令，以他們成為最強的斗龍戰(zhàn)士為條件。兇獸龍將恐龍令交給東方末和藍天畫，恐龍令能召喚兇獸龍，也能復(fù)活原始恐龍，擁有強大的黑暗能量。東方末等人服下毒龍芯，若14天內(nèi)找不到龍的密令，就會毒發(fā)身亡。東方末復(fù)活原始恐龍后，把他們帶回人類世界。東方末一眾來到某處地下遺跡，用恐龍令的力量把這里改造成了基地，隨后向圣龍學(xué)院出發(fā)。小熠等人在學(xué)院四處尋找作亂的原始恐龍，在天臺遭遇自稱“斗龍?zhí)靾F”的東方末等人。斗龍戰(zhàn)士與斗龍?zhí)靾F在學(xué)校天臺比試，雷古曼和加比納失足摔下教學(xué)樓，幸好加比納的水柱將它們送回天臺?？ňS利進化為鎧甲戰(zhàn)龍，非要打敗雷古曼它們不可。雷古曼和加比納也進化為鎧甲戰(zhàn)龍，雙方展開激戰(zhàn)，東方末威脅小熠交出斗龍卡冊。小熠的斗龍手環(huán)被沒收，斗龍戰(zhàn)士們準(zhǔn)備先撤退，卻被斗龍?zhí)靾F圍住。東方末逼小熠交出斗龍卡冊，小熠誓死不從。百諾要索里保護小熠，卻被變身的森美拉擒住，斗龍戰(zhàn)士失去了所有的戰(zhàn)斗拍檔，情況十分危急。最后在百諾的提醒下，小熠吹響斗龍?zhí)柦?，召喚斗龍手環(huán)。

在人類世界，雷吉獸龍的能量即將消耗完畢，小熠等人面臨危機。在龍源紀(jì)，狄古也來到遺跡，找到匹匹龍，阿迪坐著雙龍核歸來。阿迪和匹匹龍服下毒龍芯的解藥龍魂珠，眾人離開遺跡，雙龍核突然發(fā)出耀眼的龍魂之光，所有恐龍的恐懼都消失了。狄古帶阿迪和匹匹龍回到阿萊達。斗龍戰(zhàn)士們被斗龍軍團緊緊追擊。狄古、阿迪和匹匹龍回到阿萊達，見到太古教授。太古教授對雙龍核進行研究，他認(rèn)為雙龍核不僅是坐騎那么簡單，應(yīng)該是某種超級武器。千帆和十二星龍前往龍的世界收集密令的資料，至今未歸。千帆和十二星龍終于抵達龍的世界，調(diào)查密令一事。他們遇到了烏鴉龍，烏鴉龍的行為鬼鬼祟祟，引起了十二星龍的懷疑?？ㄉ驮伎铸垈兾牒诙矗诙戳α窟€在運行，雷古曼它們決定進黑洞救卡森他們。就在此時，雷古曼它們被黑洞的能量打中，東方末企圖用恐龍令救出卡維利，卻反而被黑洞力量附身，成為更邪惡的存在，而被吸入黑洞的恐龍們合體成為了撒旦魔龍。撒旦魔龍襲擊城市，城市一片混亂，眾人陷入世界末日的恐慌中。雷古曼和吉亞多圍攻撒旦魔龍，但雙方戰(zhàn)斗力懸殊，它們的攻擊毫無作用。雷古曼和吉亞多合體成雷吉獸龍，就算如此，它們還是抵不過撒旦魔龍，小熠向伙伴們請求支援，只有雙龍核的力量才能打敗撒旦魔龍。

城市烏云密布，人們都跑去避難了，只有斗龍戰(zhàn)士還在第一線。狄古帶匹匹龍和阿迪回到實驗室，狄古建議派出十二星龍支援斗龍戰(zhàn)士，但十二星龍留到斗龍世界不回來了。千帆找到了龍的密令，但裝著龍的密令的盒子根本打不開，龍的密令究竟有什么秘密？為了保護同伴，小熠交出隊長之位，但東方末言而無信，還打算把小熠等人全部黑化，雙龍核的光屬性力量是撒旦魔龍的天敵，只要雙龍核持續(xù)散發(fā)光芒，黑暗的能量就沒法控制阿迪。千帆建議把龍的密令物歸原主，好結(jié)束這場戰(zhàn)斗，于是千帆帶著龍的密令，和伙伴們來到人類世界。小熠等人看到了東方末和藍天畫被黑化的真相，這一切都是中原暗龍在斗龍?zhí)柦巧细愕霉?。小熠的斗龍手環(huán)被破壞，小熠只好先帶著東方末和藍天畫找雷吉匯合。撒旦魔龍與加索還在戰(zhàn)斗，加索體力不支戰(zhàn)敗。倒下的雷吉再次站起來，在雙龍核的力量下，雷吉終于擊敗了撒旦魔龍，密令的真相也終于顯露。

阿萊達救下安羅安博士，得知了密令的秘密，原來龍的密令不僅能復(fù)活原始恐龍還是黑暗空間的黑暗恐龍之王的復(fù)活魂器，幾百年前黑王龍將這道密令藏在龍源紀(jì)由六大兇獸龍鎮(zhèn)守，安羅意外得知了這個秘密也被封印在龍脈神峰。黑王龍意圖通過龍的密令，集齊兩大條件：第一、混合六大兇獸龍的血液，第二、找到無屬性寶貝龍作為復(fù)活肉身。黑王龍將靈魂附身在阿迪身上，打傷了百諾和子耀以及索里和吉亞多，并封印了他們的靈魂，還帶走了匹匹龍、狄古和千帆，東方末和藍天畫陷入昏迷，醒來后忘記了黑化時的記憶，小熠和凱風(fēng)決定隱瞞這件事。安羅初代斗龍戰(zhàn)士以及將黑王龍的事告知太古教授以及斗龍戰(zhàn)士們。太古教授修好斗龍手環(huán)，四位斗龍戰(zhàn)士再次啟程，來到龍源紀(jì)，阻止黑王龍的復(fù)活。四位斗龍戰(zhàn)士來到龍源紀(jì)，去到龍脈神峰的入口卻被阻攔，四處尋找入口。黑王龍借用無屬性寶貝龍阿迪的肉身復(fù)活，進化為滅世屠龍，狄古為救阿迪消失，千帆想為狄古復(fù)仇卻不幸被滅世屠龍石化。匹匹龍?zhí)映錾?，想去夢谷找傳奇龍幫助斗龍?zhàn)士打敗滅世屠龍。六大原始恐龍被破阻攔斗龍戰(zhàn)士，在戰(zhàn)斗中重甲龍將小熠弄到不同的空間，從恐龍們口中得知黑王龍即將用無屬性寶貝龍阿迪的肉身復(fù)活，并想讓他們?yōu)樽约旱母改笀蟪?，將他們的力量傳給了斗龍?zhí)柦牵M化為超級戰(zhàn)龍，犧牲了。但這件事情引起了東方末的懷疑，以為是太古教授安排的特級任務(wù)給圓了過去。斗龍戰(zhàn)士們用被安排到不同空間，在戰(zhàn)斗中雷古曼和加比納合體為超甲獸龍雷加，卡維利和森美拉合體為超甲獸龍卡森。在和中原暗龍的戰(zhàn)斗中，東方末和藍天畫恢復(fù)記憶，記起了黑化的過往，以為東方末會幫著它的中原暗龍，卻被東方末給擺了一道，聯(lián)合雷古曼和加比納將中原暗龍打敗。雷古曼和加比納在與北冥光龍的戰(zhàn)斗合體為超甲獸龍雷加，并與東方末和藍天畫匯合。在匯合時，受到西凜風(fēng)龍襲擊，掉入深淵，東方末為救伙伴在重甲龍的幫助下吸收了暗能量，準(zhǔn)備犧牲自己，藍天畫拉開入口，卻不幸和東方末一起掉入絕望深淵 ，而另一邊在圣龍學(xué)院的因斗龍手環(huán)被封印，無法召喚寶貝龍的小熠和凱風(fēng)遭受危機。匹匹龍說動傳奇龍離開夢谷，傳奇龍感應(yīng)到絕望深淵被打開，便來到了絕望深淵。東方末和藍天畫在傳奇龍的幫助下，讓卡維利和森美拉合體進化為超甲獸龍卡森，西凜風(fēng)龍差點被超甲獸龍卡森消滅，東方末和藍天畫及時趕到，與小熠和凱風(fēng)合力擊敗六大兇獸龍。四位斗龍戰(zhàn)士再次回到龍源紀(jì)，見到了傳奇龍，在與北冥光龍戰(zhàn)斗中竟得知北冥光龍曾是星龍塔的守護星龍，在一次意外中遇到了黑王龍，無法控制自己的欲望成為了黑王龍的手下，北冥光龍逐漸意識到自己的錯誤，最終悔悟。斗龍戰(zhàn)士們在傳奇龍的幫助下，讓雷古曼、加比納、卡維利和森美拉進化為究極獸龍帝王龍神奧驍，傳奇龍卻消失了。其他幾位兇獸龍被中原暗龍吸走能量消失了，中原暗龍吸取北冥光龍，在奧驍與黑王龍神爐戰(zhàn)斗中推開了想要自爆的中原暗龍，雖然拯救了斗龍戰(zhàn)士，但自己卻灰飛煙滅。奧驍逐漸不敵滅世屠龍，需要原始恐龍的幫助，但原始恐龍們只相信傳奇龍不愿幫助奧驍，在匹匹龍和小小的說服下，將力量傳遞給奧驍，變?yōu)辄S金帝王龍神奧驍。但奧驍還是有點不敵滅世屠龍，小熠冒著危險將火象力量傳遞給奧驍，最終使奧驍變?yōu)榀偪駹顟B(tài)，但還是被打敗。在危機時刻，奧驍與四位斗龍戰(zhàn)士的屬性力量相感應(yīng)，逐漸擊敗滅世屠龍。在阿萊達蘇醒的百諾和子耀來到圣龍學(xué)院尋找四位斗龍戰(zhàn)士，得知在龍源紀(jì)后，便立即前往，在原始恐龍們的幫助下來到龍脈神峰，與四位斗龍戰(zhàn)士匯合。百諾運用索里的光屬性力量將阿迪救出，便想要封印黑王龍，沒想到黑王龍竟想要回到阿迪體內(nèi)。小熠擋在了阿迪前面，卻被黑暗能量附身，會逐漸成為黑王龍的傀儡。六大寶貝龍決定犧牲自己所有的星象力量救小熠，最終滅世屠龍被消滅了，六大寶貝龍卻消失了，龍源紀(jì)也恢復(fù)了光明，一切都恢復(fù)了。

二代斗龍戰(zhàn)士們離開了龍源紀(jì)，回到了人類世界，但他們的故事還遠遠沒有結(jié)束，當(dāng)黑暗再次來臨之時，他們會再次帶著拍檔守護著這個世界，因為只要有黑暗，就會出現(xiàn)斗龍戰(zhàn)士。但經(jīng)歷了這么多事情的他們還會一直守護世界嗎？他們會不會放棄這個使命，成為一個普通人？這終究是個謎。