1911年初，利用庚款而專門為培養(yǎng)赴美留學生的清華留美預備學校正式成立。1912年10月17日，清華學堂更名為清華學校（清華大學前身），唐國安被任命為第一任校長[5]。在此后十多年間，據統(tǒng)計，由清華派出的留美學生就達1000多人。1928年8月17日，清華學校改名為清華大學，羅家倫出任校長。那一年開始公開招考留美公費生，1933年，又開始公開招考第一批庚款留英學生。

美國的退款，產生了很大的國際影響。第一次世界大戰(zhàn)爆發(fā)后，北京政府于1917年8月對德奧宣戰(zhàn)，并停付庚款。大戰(zhàn)平息后，中國也涉足于戰(zhàn)勝國的地位，各國都表示愿與中國“友好”，以便用和平的辦法維護和擴張其在華利益，所以都緊步美國的后塵，陸續(xù)放棄或退回了庚子賠款余額。退款被廣泛地應用到中國的教育文化事業(yè)和實業(yè)中。

1924年，美國國會通過決議，將其余的庚子賠款用于中國，成立“中國文教促進基金會”（或稱“中國基金會”），掌管的金額為1254.5萬美金，北洋政府任命了由10名中國人和5名美國人組成的托管董事會。其中的相當部分金額以獎學金的方式提供給清華大學。由于這樣的一種特殊的經費來源和運作模式，清華從創(chuàng)建伊始，在諸多方面就已經具備了自己的一些特別的優(yōu)勢和辦學條件，也因此而有別于國內的其他大學。這樣的環(huán)境也給了梅貽琦治校在客觀上奠定了一定的物質基礎和提供了必要的辦學條件。國外的歷史學家評論道：“清華其成功的一大秘訣是，當其他院校求助于軍閥政權不穩(wěn)定的施舍時，清華的年度預算是有保障的?！边@種觀點雖暗含夸大美國所起的作用之意，但基本還是公允的。

由于清華的經費來源較為充裕，使其辦學亦有相當的自主性，這些條件又對治校方面自然產生一些影響，促進了清華在學校的管理制度方面和運行機制上逐漸地形成一套獨立的、具有清華自身特點的東西，并由此產生了一些特殊的體制和風格，乃至后來清華校風與學風的逐步形成，都與此有千絲萬縷的內在聯系。而這種特征較明顯的反映出來的一個例證，即是20-30年代初期，清華大學出現的幾次大規(guī)模的學校風潮。其中，清華校長多次易人，竟有十幾任之多，甚至出現清華幾年沒有校長，由校務會議維持的尷尬局面。

今日運作情況

1949年，清華校長梅貽琦前往美國處理“清華基金”保管運用事宜。1956年，清華在臺建校，梅貽琦借用清華基金利息補貼教授薪水，并興建宿舍。清華基金的經費來源，是中華教育文化基金會代管庚子賠款的紅利等。新竹清華大學校長陳力俊介紹，即使到當前，每年還收到庚子賠款支票。他說，外界常以為清華基金是兩岸清華各取一半，但根據他和北京清華校長顧秉林的確認，證實這筆基金僅撥給新竹清華。