在決戰(zhàn)的前夕，整個(gè)世界仿佛都被一層緊張的陰霾所籠罩?？履?，也就是工藤新一，每日都在與各方力量緊密部署，力求在與黑衣組織的最終對(duì)決中取得勝利。而他的姐姐，江戶川星月，真實(shí)身份是工藤西辭，這位被FBI與公安都視為王牌特工的天才少女，內(nèi)心卻在悄然做著一個(gè)重大的決定。

西辭深知此次決戰(zhàn)的兇險(xiǎn)，黑衣組織的勢(shì)力盤根錯(cuò)節(jié)，稍有不慎，不僅他們這些與黑暗對(duì)抗的人會(huì)全軍覆沒，還會(huì)牽連無數(shù)無辜。她決定犧牲自己，用自己的生命為大家開辟一條勝利的道路，這個(gè)決定她沒有告訴任何人，獨(dú)自背負(fù)著這份沉重。

決戰(zhàn)之日來臨，激烈的交鋒震撼著每一個(gè)參與者的內(nèi)心。工藤西辭按照自己的計(jì)劃，孤身深入黑衣組織的核心。在關(guān)鍵時(shí)刻，她引爆了提前布置好的裝置，以自己的血肉之軀阻擋了黑衣組織的瘋狂反撲。隨著爆炸聲響起，西辭消失在一片火光之中，黑衣組織也因這致命一擊而陷入混亂，最終被成功捉拿歸案。

眾人沉浸在巨大的悲痛之中?？履夏玫搅私馑?，變回了工藤新一?；以s決定不再變回宮野志保，她想要拋開過去，重新開始新的生活。赤井秀一等人完成使命，回到了FBI。

毛利蘭得知了柯南就是新一，這個(gè)真相讓她百感交集。開心的是新一終于回到身邊，原來他一直都在自己身邊默默守護(hù)；難過的是新一長(zhǎng)久以來的隱瞞，更讓她悲痛的是工藤西辭的犧牲。毛利蘭的姐姐毛利雪得知星月就是西辭時(shí)，同樣悲喜交加，開心西辭一直守護(hù)著自己，難過卻再也見不到她。

怪盜靈蝶，也就是怪盜幻影，在西辭犧牲后，悵然若失，世上再?zèng)]有能讓她認(rèn)可的偵探，再?zèng)]有那個(gè)與她針鋒相對(duì)、互相追逐的對(duì)手。大家都以為那位天才少女永遠(yuǎn)離開了，世上再無FBI與公安的王牌特工，再無天才少女，沒有了靈蝶克星，也沒有了守護(hù)女神，江戶川星月與工藤西辭成為了記憶中的名字。

然而，命運(yùn)總是充滿意外。工藤西辭竟然活了下來，可爆炸的沖擊讓她失去了所有記憶。她輾轉(zhuǎn)來到中國，改名為林允兒，開啟了全新的生活。某一天，林允兒來到日本，她與工藤西辭極為相似的面容，讓眾人驚訝不已，怪盜靈蝶也不例外。

隨著相處，大家開始懷疑林允兒就是工藤西辭。他們想盡辦法幫助林允兒恢復(fù)記憶，終于，在不懈努力下，林允兒找回了曾經(jīng)的記憶，以工藤西辭的身份回歸日本生活。

恢復(fù)身份后的西辭，生活并未平靜太久。怪盜靈蝶又開始了寶石偷竊之旅，一天，怪盜靈蝶偷完寶石后，像往常一樣在天臺(tái)等待。工藤西辭趕到，怪盜靈蝶卻沒有離開，而是徑直走到西辭面前，向她表白。出人意料的是，工藤西辭同意了。

從此，白天她們是甜蜜的情侶，享受著彼此的陪伴；夜晚，她們又成為針鋒相對(duì)的宿敵，繼續(xù)著偵探與怪盜的追逐游戲。但無論何時(shí)，當(dāng)工藤西辭遇到危險(xiǎn)，怪盜靈蝶總會(huì)不顧一切地挺身而出，她們?cè)谶@復(fù)雜又奇妙的關(guān)系中，幸福地生活著，續(xù)寫屬于她們的故事